政府审计学院成立于2015年12月，前身可以追溯到1987年时设置的工业审计系。1993年招收首批审计学专业本科生，2011年获得全国首批审计硕士专业学位授予权，2019年审计学专业入选国家级一流本科专业建设点。学院办学定位是以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，坚持社会主义办学方向，落实立德树人根本任务，建设国内外有重要影响力的一流审计学院，成为审计人才培养的基地、审计理论研究的高地、审计文化传播的窗口和审计事业发展的智库。

学院现有在校本科生1800余人，研究生600余人。学院师资结构合理，现有教师55人，其中高级职称25人，博士生导师4人，教育部新世纪优秀人才1人，财政部会计学术高端人才1人，江苏省“333高层次人才培养工程”5人，江苏省高校“青蓝工程”中青年学术带头人3人，江苏省高校“青蓝工程”优秀青年骨干教师培养对象3人，“青蓝工程”优秀教学团队1个，江苏省“六大人才高峰”高层次人才3人。

学院现有审计学系、政府审计系和资源环境审计系。南京审计大学国家审计研究院、现代审计发展研究中心等机构挂靠我院。学院设有一个本科专业：审计学；两个本科特色方向：审计学（政府审计方向）、审计学（资源环境审计方向）；拥有审计学学术硕士和审计专业硕士（MAud）学位授予权。审计学专业入选国家一流本科专业建设点、江苏省A类品牌专业和江苏省一流专业；审计学教学团队为国家级教学团队和江苏省高校优秀教学团队；“审计学课程群虚拟教研室”入选教育部首批虚拟教研室建设试点名单。此外，学院还承担了中国政府审计奖学金项目，为境外国家审计机关培养审计专业硕士人才。

近年来，学院承担了国家自然科学基金和国家社科基金16项、教育部人文社科基金、审计署重点科研课题、江苏省社科基金等省部级以上课题45项，在《会计研究》《审计研究》《中国行政管理》等权威期刊发表高质量学术论文50余篇。积极参与国家有关标准的制定，获中国标准创新贡献奖一等奖。

近年来，学院党建工作也取得显著成绩，2022年，学院党委入选首批江苏省高校党建工作标杆院系培育创建单位；2023年，获江苏省2021-2022年度高校党建工作创新奖二等奖。2024年，学院党委入选“全国党建工作标杆院系”培育创建单位；教工第二党支部获全国高校“双带头人”教师党支部书记“强国行”专项行动团队；研究生第二党支部入选第二批“全省党建工作样板支部”培育单位。